Po dwuletnim nowicjacie u jezuitów w Rzymie  powrócił do kraju i objął stanowisko wykładowcy oraz kaznodziei w kolegium jezuickim w Pułtusku. W 1573 r. przeniesiono go do Wilna. Najpierw był tam  wicerektorem kolegium jezuitów, a po jego przekształceniu w Akademię został 1 sierpnia 1579 r. jej pierwszym rektorem.  Poza kierowaniem tą  jedyną wyższą szkołą na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego, zajmował się też  działalnością duszpasterską i  polemiczną.  W Wilnie został profesem czyli rzeczywistym członkiem Towarzystwa Jezusowego. Tu też opublikował polemiczne rozprawy przeciw protestantom i  ostro wystepował przeciw nim z  ambony. Miał np. wzywać biskupa wileńskiego  by był „na heretyki zaostrzonym słupem”. Starał się też rozwijać z Wilna misyjną działalność daleko na wschód Rzeczpospolitej, co wiązało się z koniecznością ciągłych wyjazdów. Towarzyszył Stefanowi Batoremu w oblężeniu Połocka, a po jego zdobyciu otworzył tam dwie klasy wstępne kolegium jezuickiego, do których zgłosiło się jednak zaledwie pięciu uczniów. Również i w Inflantach, które na mocy rozejmu przypadły Rzeczpospolitej, znalazł niewielki oddźwięk. Zwłaszcza mieszkańcy Rygi przyjęli jezuitów wrogo i dopiero pod naciskiem króla przekazali im kościół św. Jana. Pod wrażeniem niechętnej postawy inflanckich protestantów, doszedł do wniosku, że jedyna szansa powrotu do katolicyzmu tej prowincji wymaga przymusu wyznaniowego wśród luterańskiego mieszczaństwa oraz umiejętnej propagandy misyjnej wśród tamtejszych chłopów, z których wielu wciąż tkwiło  w pogaństwie.

Więcej informacji, ciekawostek i materiałów dotyczących  księdza Piotra Skargi szukaj w jego biogramie i na dalszych stronach naszego serwisu.